医療費控除はe-Taxで自宅から申告できますが、「そもそも対象か」「セルフメディケーション税制とどちらが得か」を先に判断する必要があります。判断順序で整理します。

まず結論

医療費控除は、1年間の家族合算の医療費が10万円(または所得の5%)を超えた人が対象。マイナポータル連携を使えば、e-Taxで医療費通知を自動取得できて入力がぐっと楽になります。市販薬中心の家庭は「セルフメディケーション税制」のほうが有利なケースもあるので、まず二択を判断します。

あなたが最初に確認すること

  • Q1: 家族合算の医療費は10万円(所得5%)超か?(共働きなら所得が高い側で申告)
  • Q2: 市販薬中心ならセルフメディケーション税制との比較は?
  • Q3: マイナンバーカードはあるか?(e-Tax利用に必要)

3つの分岐

分岐A: 通常の医療費控除を選ぶ場合

家族合算の医療費が10万円(または所得の5%)を超えるパターン。

  • 控除額 = (医療費 - 保険等で補填された金額) - 10万円(または所得の5%)
  • 上限200万円
  • 家族分も合算可能(同一生計の配偶者・子・親)
  • 共働きは所得が高い側で申告したほうが還付額が大きいことが多い
  • 治療目的の医療費・薬代・通院交通費が対象
  • 美容・予防・健康診断費用は原則対象外

分岐B: セルフメディケーション税制を選ぶ場合

市販薬(スイッチOTC医薬品)の支出が中心の家庭向け。

  • 対象医薬品の年間購入額が12,000円超で控除対象
  • 控除額 = (購入額 - 12,000円)、上限88,000円
  • 健康診断・予防接種・人間ドック等を受けていることが条件
  • 通常の医療費控除と併用不可(どちらかを選択)
  • レシートに対象医薬品マークがあるものが対象
  • 比較計算してから有利な方を選ぶのが基本

分岐C: そもそも控除対象に届かない場合

10万円・12,000円どちらも届かないが、来年に向けて準備したいケース。

  • 医療費の領収書を5年分保管
  • マイナポータルで医療費通知の自動取得を設定
  • 子どもの矯正・親の入院など大きな支出予定を年内にまとめる
  • 共働きなら所得が高い側で受診歴をまとめる
  • 翌年確定申告するか年末調整で完結するかを判断

実際にいくらになるか（計算してみる）

医療費控除でいちばん誤解が多いのが、「戻ってくる金額」です。実際の数字で確かめます。

国税庁の計算式は「（実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補てんされる金額）− 10万円」とされています（総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく総所得金額等の5％）。控除額の上限は200万円です。ここで出るのはあくまで控除額であり、還付されるお金ではありません。還付の目安は「控除額 × 所得税率」で、税率は課税所得に応じて5〜45％と定められています。

以下は「保険金等の補てんなし・総所得金額等200万円以上（10万円基準）」と仮定した概算です。

年間に払った医療費控除額（医療費−10万円）所得税の還付の目安（税率5％）同（税率10％）同（税率20％）
10万円0円0円0円0円
20万円10万円約5,000円約1万円約2万円
30万円20万円約1万円約2万円約4万円
50万円40万円約2万円約4万円約8万円

たとえば年間の医療費が30万円で所得税率が10％の方であれば、控除額は20万円、戻ってくる所得税は約2万円が目安になります。「20万円戻ってくる」わけではない、というのがポイントです。

ここでもうひとつ押さえておきたいのが、住民税も翌年度に下がるという点です。医療費控除は所得税だけでなく住民税（所得割10％）の計算でも同じように所得から差し引かれるとされています。上の例（控除額20万円）であれば、住民税も約2万円軽くなる計算になり、所得税と住民税を合わせるとおよそ4万円の効果です。医療費控除の効果は「控除額 ×（所得税率＋住民税10％）」でざっくり見当がつく、と考えるとイメージしやすくなります。

なお、厳密には所得税額に復興特別所得税2.1％が上乗せされるため、還付額はごくわずかに増えます。

セルフメディケーション税制も考え方は同じです。対象医薬品を年間3万円買った場合、控除額は3万円−1.2万円＝1.8万円。税率10％なら所得税の還付は約1,800円、住民税とあわせても約3,600円が目安です。通常の医療費控除と併用はできないため、控除額の大きいほうを選ぶことになります。

上の表は目安です。実際の税率は課税所得で決まり、入院給付金・高額療養費などで補てんされた金額があれば差し引く必要があります。正確な金額は税務署・お住まいの自治体にご確認ください。

e-Tax申告手順(分岐Aの場合)

  1. マイナンバーカード方式 or ID・パスワード方式を選ぶ
  2. 国税庁の確定申告書等作成コーナーへアクセス
  3. マイナポータル連携で医療費通知・源泉徴収票を取り込む
  4. 医療費控除の入力(明細を医療を受けた人別に集計)
  5. 源泉徴収票の内容を入力(マイナポータル連携で自動)
  6. 還付額の試算を確認
  7. 振込先口座を入力して送信
  8. 1〜2か月後に指定口座へ還付

必要書類

  • マイナンバーカード(または通知カード+本人確認書類)
  • 源泉徴収票(会社員)
  • 医療費の領収書・明細(マイナポータル連携で代替可)
  • 医療費控除の明細書(e-Taxで自動作成)
  • 健康保険組合からの医療費通知(マイナポータル連携で代替可)
  • 通院交通費の記録
  • 振込先口座情報

期限・タイミング

  • 確定申告期間: 翌年2月16日〜3月15日
  • 還付申告のみ(納税なし): 1月から提出可
  • 5年前まで遡及可: 過去の医療費控除も還付申告できる
  • 振込: 申告から1〜2か月後

問い合わせ先

  • e-Tax操作: 国税庁の電話相談・チャットボット
  • 医療費控除の判断: 所轄税務署
  • マイナポータル連携: デジタル庁・マイナンバー総合フリーダイヤル
  • 個別判断: 税理士

よくある失敗

  • セルフメディケーション税制と比較せず損する: 市販薬中心なら12,000円から控除可
  • 共働きで所得の低い側で申告: 還付額が小さくなる
  • 領収書を捨てる: 5年保管が必要(税務署の確認に備える)
  • 通院交通費を忘れる: 公共交通機関の交通費は対象、メモを取っておく
  • 保険適用後の自己負担額だけで計算: 入院給付金等で補填された金額は差し引く
  • 家族の医療費を合算し忘れる: 同一生計なら別居でも合算可

公式情報の確認ポイント

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まとめ

医療費控除は「10万円超」の前にまずセルフメディケーション税制との比較を。e-Taxとマイナポータル連携で入力負担は大幅に減ります。5年遡及できるので、過去分の見直しもおすすめです。

※本サイトは公的機関ではありません。制度の内容は年度や法改正により変わることがあります。個別の判断が必要な場合は、税務署・税理士などの専門家にご相談ください。

最終確認日

最終確認日: 2026-07-17

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